U Zagrebu, ali i Hrvatskoj, 16. stoljeće obilježeno je Stogodišnjim hrvatsko-turskim ratom, a sam kraj stoljeća završio je tako da je s 15. na 16. rujna 1590. godine, tri godine prije konačnog završetka Stogodišnjeg hrvatsko-turskog rata, Zagreb pogodio teški potres koji je srušio čak i Medvedgrad, a neki su to shvatili kao poruku da stoljeće završi rušenjem starog i najavom izgradnje novog doba.
Osim na Gradecu, i na Kaptolu se dižu nove i obnavljaju stare i teško oštećene građevine. Tijekom cijelog razdoblja 17. stoljeća vršeni su mnogi graditeljski poslovi, a pogotovo nakon teških požara koji su pogodili grad 1624., 1645. i 1674. godine. U sklopu građevinskih radova tako se proširivao biskupski dvori, radilo se na dijelovima stolne crkve, kao i na kaptolskoj vijećnici i kanoničkim kurijama te na franjevačkom samostanu.
U Vlaškoj ulici, na mjestu nekadašnje srednjovjekovne župne Crkve sv. Antuna, koju su zbog trošnosti srušili početkom 17. stoljeća, gradi se nova crkva – Crkva sv. Petra. Crkva je sagrađena oko 1622. godine, a 80-ih godina 17. stoljeća proširio ju je biskup Borković. Svetište je tada bilo nadsvođeno, dok se u lađi nalazio drveni rezbareni strop.
U nekim novijim vremenima (period 19.-20. stoljeće), crkva se temeljito obnavljala, zbog čega do današnjeg dana nije sačuvala svoj izvorni oblik u vidu arhitekture interijera i eksterijera.
Najveće promjene Crkva sv. Petra je doživjela u periodu od 1751. i 1770., i 1857. godine, kada je restaurirana u novoromantičkom stilu.